МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА РОДОПСИНА И СВОБОДНОГО ОПСИНА: КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ

Аннотация:

Методом компьютерного моделирования проведено сравнительное исследование молекулярной динамики родопсина, содержащего хромофорную группу (1l-цис-ретиналь), и свободного опсина. Молекулярная динамика прослежена во временном интервале, равном 3000 пикосекунд; при этом получено и проанализировано 3 X 10 в 6 степени дискретных конформационных состояний родопсина и опсина. Продемонстрировано, что присутствие хромофорной группы в хромофорном центре опсина оказывает существенное влияние на ближайшее белковое окружение хромофора, на конформационное состояние цитоплазматического домена и практически не оказывает влияния на конформационное состояние внутридискового домена. На основании результатов моделирования обсуждается возможный внутримолекулярный механизм поддержания родопсина как G-белок связывающего рецептора в неактивном состоянии, т.е. функция хромофора как эффективного лиганда-антагониста.

Авторы:

Издание: Российский физиологический журнал
Год издания: 2005
Объем: 21с.
Дополнительная информация: 2005.-N 12.-С.1377-1397
Просмотров: 27