АНАЛИЗ ХРОМОСОМНЫХ ДЕЛЕЦИЙ TBD1, RD6 И PKS15/1 КЛИНИЧЕСКИХ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

Аннотация:

Изучена вариабельность хромосомных регионов TbDl, RD6 и pksl5/l у клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis, полученные результаты сопоставлены с данными анализа длин рестрикционных фрагментов по элементу IS6110 (IS6110-RFLP), типирования по синонимичным единичным нуклеотидным заменам (sSNPs) и определения принадлежности анализируемых штаммов к основным генетическим группам (PGG — principle genetic groups). В ходе работы проанализировано 122, 61 и 300 клинических штаммов на наличие делеций соответственно TbDl, RD6 и pksl5/l с использованием специфических гибридизационных зондов. При определении делеций TbDl и RD6 применена методика RFLP-анализа. Для определения делеций в генах pks 15/1 использовали гибридизацию в условиях количественной оценки наработки ПЦР-продукта (RT-PCR) с молекулярными зондами "molecular beacons". По результатам типирования установлено, что отсутствие делеций TbDl характерно для представителей sSNPs кластера I (первая основная генетическая группа). Возникновение данной делеций предшествует мутациям в генах katG463 и gyrA95, определяющим вторую и третью основные генетические группы. Наличие делеций RD6 у клинических штаммов не является строгой характеристикой какой-либо определенной группы микобактерий, выделенной методами IS6110-RFLP и sSNPs. Идентификация М. tuberculosis с интактными генами pksl5/l позволяет выделить группу потенциально высоковирулентных штаммов среди клинических изолятов.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2006
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2006.-N 3.-С.30-35
Просмотров: 39