ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ГЕТЕРОГЕННОСТЬ И ГЕОГРАФИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ КОЛЛЕКЦИОННЫХ ШТАММОВ FRANCISELLA TULARENSIS ПО ДАННЫМ VNTR-АНАЛИЗА ИХ ДНК

Аннотация:

Изучено распределение вариабельных тандемных повторов в четырех локусах (FtA, FtB, FtC и FtD) у 352 штаммов Francisella tularensis разных подвидов, выделенных в различных регионах мира в период с 1941 по 2004 г. Вариабельность VNTR-локусов оценивали с помощью индекса разнообразия Нея (diversity index, DI). Анализ идентификационных генотипов штаммов позволил сгруппировать их в 61 вариант от А до I с частотой встречаемости от 0,002 до 0,142, а кластерный анализ — распределить среди 9 кластеров с разным числом составляющих. Показано реальное существование среди них генотипической гетерогенности и географического разнообразия, а также территориальной приуроченности определенных типов штаммов. С целью проведения территориально-пространственного анализа распределения генотипов изученных штаммов была разработана геоинформационная система (ГИС) "Туляремия". Особенностью разработанной ГИС является динамический режим работы, выражающийся в возможности постоянного добавления информации не только за счет пополнения уже имеющихся данных, но и за счет создания новых слоев. Любая новая внесенная информация динамически включается в ГИС, что позволяет проводить как ретроспективный, так и оперативный анализ. ГИС "Туляремия" должна найти свое место в структуре эпидемиологического метода, использование которого позволит вывести эпидемиологический надзор за туляремией на качественно более высокий уровень.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2007
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2007.-N 2.-С.33-39. Библ. 33 назв.
Просмотров: 88