МУТАЦИОННОЕ ДАВЛЕНИЕ В ГЕНОМАХ АЛЬФАГЕРПЕСВИРУСОВ, ПОРАЖАЮЩИХ ЧЕЛОВЕКА

Аннотация:

Геномы вирусов простого герпеса (ВПГ1 и ВПГ2) являются высоко GC-насыщенными (уровень G+C в них равен соответственно 0,68 и 0,70), что говорит о подверженности их сильному мутационному GC-давлению. Геном варицелла зостер вируса (ВЗВ) имеет уровень ОС-насыщенности 0,46, что говорит о подверженности его слабому AT-давлению. Нами были рассчитаны частоты нуклеотидных замен по направлению мутационного давления для генов, кодирующих большой капсидный протеин (БКП) альфагерлесвирусов, поражающих человека. Для ВПГ1 частоты замен рассчитаны от гена БКП ВПГ1 (G+C=0,68, 3GC=0,89) к гену БКП ВПГ2 (G+C=0,70, 3GC=0,91) и к гомологичному гену (G+C=0,73, 3GC=0,99), филогенетически близкому к ВПГ обезьяньего герпесвируса 16. В этих двух парах генов среди всех замен преобладают трансверсии С->G и G->С, уступают им частоты транзиций по направлению мутационного GC-давления (Т->С и А->G), третьи по величине — частоты трансверсий А->С и Т->G. Для ВЗВ частоты замен были рассчитаны от гена БКП ВЗВ (G+C=0,47, 3 GC=0,41) к гену БКП (G+C=0,41, 3 GC=0,28) родственного ВЗВ обезьяньего герпесвируса 9. В этой паре генов преобладают транзиций по направлению мутационного АТ-дав-ления (С->Т и G->А), несколько уступают им частоты трансверсий А->Т и Т->А, третьи по величине — частоты трансверсий С->А и G->Т. Для гена БКП ВЗВ вероятность возникновения транзиций, вызванной мутационным давлением, в третьих положениях кодонов (где абсолютное большинство транзиций синонимичны) в 2,36 раза выше, чем в гене БКП ВПГ1, и в 3 раза выше, чем в гене БКП ВПГ2. Эти данные могут служить объяснением редкого рецидивирования опоясывающего лишая по сравнению с герпетической инфекцией.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2008
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2008.-N 2.-С.37-41. Библ. 13 назв.
Просмотров: 39