Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ СИСТЕМ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ВИЧ-1 VIROSEQ И TRUGENE В ПРИМЕНЕНИИ К ВАРИАНТАМ ВИРУСА, РАСПРОСТРАНЕННЫМ В РОССИИ

Полный текст
К02013), кодирующего протеазу (297 пар нуклеотидов) и обратную транскриптазу (1680 пар нуклеотидов) ВИЧ-1 проводили в строгом соответствии с инструкцией к набору для генотипирования Trugene HIV-1 (Trugene HIV-1 genotyping kit, "Bayer HealthCare"). Реакции обратной транскрипции и ДНК-ПЦР (1 раунд) проводили с использованием рекомбинантного фермента RT MMLV, термостабильной ДНК-полимеразы и праймеров, входящих в диагностический набор, в одну стадию с использованием прибора GeneAmp PCR System 2700 ("Applied Biosystems"). Полученные ампликоны хранили при +4°С в течение 24 ч до се-квенирования. Для определения нуклеотидных последовательностей фрагментов, кодирующих протеазу и часть обратной транскриптазы, применяли CLIP-технологию в соответствии с инструкцией производителя тест-системы [5]. Суть метода заключается в использовании в одной пробирке прямого и обратного праймеров, меченных двумя флюоресцентными красителями, что позволяет определять последовательности сразу обеих нитей двуцепочеч-ной ДНК. Кроме того, в пробирки добавляли все реагенты, необходимые для удлинения цепи, и один из ддНТФ для прерывания синтеза ДНК. ДНК-матрицу образца (ампликон, полученный в результате RT-ПЦР и однораундовой ДНК-ПЦР) се-квенировали в двух направлениях по двум участкам ампликона,

Аннотация:

На сегодняшний день в мировой клинической практике для обнаружения мутаций резистентности к лекарственным средствам, возникающим при недостаточной эффективности лечения ВИЧ-инфекции, широко применяют системы генотипирования ВИЧ-1 ViroSeq ("Celera Diagnostics") и ^Trugene ("Bayer HealthCare"). В России получил распространение только первый из названных тестов. Настоящее исследование посвящено сравнению систем генотипирования ViroSeq и Trugene для выявления как мутаций лекарственной устойчивости, так и мутаций полиморфизма у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, где доминирует уникальный штамм IDU-A. Анализ 18 образцов от ВИЧ-инфицированных пациентов, получавших и не получавших специфическую терапию, показал, что совпадение при использовании тестов составило 95% (180 из 190 мутаций). При этом результаты выявления мутаций резистентности системами генотипирования ВИЧ-1 ViroSeq и Trugene совпали полностью. Показана возможность использования системы генотипирования ВИЧ-1 Trugene в клинико-диагностических лабораториях наряду с тест-системой ViroSeq.

Авторы:

Васильев А.В.
Бобкова М.Р.
Казеннова Е.В.
Ольшанский А.Я.
Коровина Г.И.
Румянцева О.А.
Вдовина В.Н.
Геворкян М.Г.
Дворкина С.А.

Издание: Клиническая лабораторная диагностика
Год издания: 2009
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2009.-N 12.-С.46-51. Библ. 9 назв.
Просмотров: 146

Рубрики
Ключевые слова
clip
альтернативная
амплификация
анализ
антиретровирусный
болезнь
больной
борьба
бытовые
вариантные
вирус
вирусные
вич-1
вич-инфекция
вич-инфицированного
воздействие
возможности
временная
входной
выделение
вызывать
выявление
гена
генетика
генетическ
геном
генотип
генотипирование
гибель
годовые
городские
данные
двумя
денатурирующий
диагностическая
днк-полимераза
днк
добавленную
единственная
заболевания
заражение
изучение
ингибитор
инструкции
информированное
использование
исследование
клинико-диагностическая
клиническая
ключ
комбинированная
копия
красители
красноярский
крови
лаборатории
лекарственна
лечение
лицами
материал
мембран
метод
меченый
микробиологическая
мирового
момент
московская
мутации
набор
нагрузка
направлениях
нарушения
настоящие
недостаточное
необходимые
нескольким
нитей
нуклеотидный
нуклеотидов
обнаружение
образцов
обратная
объем
одновременная
одного
определение
основание
пар
пациент
первая
первичная
перенос
плазме
плазмы
повышение
подбор
подтипы
поза
полиморфизм
полностью
популяции
послед
последовательностей
постоянная
праймер
практика
препараты
прерывание
прибор
приводящей
прием
применение
пробирки
прогрессирование
протеаз
профилактика
проявление
прямая
работа
размножение
распространение
распространенный
раствор
реагент
реакцией
региональная
регистр
режим
резистентность
резистентный
результата
рекомбинантная
российская
сегодня
секвенирование
силикагель
синтез
систем
слово
случаев
согласие
соответствие
состав
специфическая
спида
спонтанная
сравнение
сравнительная
среда
средств
средства
стадии
стран
схема
терапия
термостабильный
тест-система
тестовые
течения
транскриптаза
транскрипции
удлинение
указ
условия
устойчивое
устойчивости
участка
фермент
фиксированные
фирма
флюоресцентная
фрагмент
целью
центр
цепи
циркулирующие
частная
часть
широкая
штамм
эффективность
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 18.218.55.210)
Яндекс.Метрика