ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДА VNTR-ТИПИРОВАНИЯ ДЛЯ ОЦЕНКИ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ИЗОЛЯТОВ NEISSERIA GONORRHOEAE

Аннотация:

В настоящем исследовании in silico идентифицированы вариабельные тандемные повторы в геноме Neisseria gonorrhoeae. Используя коллекцию из 48 изолятов Ж gonorrhoeae, выделенных от больных гонореей в Алматы (Казахстан), исследовали возможность применения найденных VNTR-локусов для VNTR-типирования в сравнении с распространенным ора-типированием. Индекс дискриминации Хантера—Гастона (HGDI) для VNTR-типирования по двум локусам (VNTR2048 и NMTR-12) составил 0,734, что меньше, чем индекс HGDI для оратипирования (0,959). Локус VNTR1192 имеет сложную структуру из повторяющихся элементов, что затруднило его электрофоретический анализ. Однако анализ нуклеотидной последовательности этого локуса позволил дифференцировать все 48 исследованных изолятов. Предложенные VNTR-локусы могут быть использованы для анализа распространения гонореи при сексуальных контактах и для решения других молекулярно-эпидемиологических задач.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2011
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2011.-N 1.-С.24-29. Библ. 23 назв.
Просмотров: 45