РАЗРАБОТКА СХЕМЫ МУЛЬТИЛОКУСНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS И ЕЕ ПРИМЕНЕНИЕ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКО-ГО АНАЛИЗА ШТАММОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ В СТАЦИОНАРАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ В 2009 - 2010 ГГ.

Аннотация:

Цель: Разработка метода типирования штаммов S.haemolyticus на основе мультилокусного секвенирования для решения задач молекулярной эпидемиологии. Материалы и методы: Изучали 102 штамма коагулазо-отрицательных стафилококков (КОС), выделенных в стационарах различного профиля Н.Новгорода и Москвы. Видовую идентификацию штаммов проводили на основе секвенирования последовательностей фрагмента гена tuf, дифференциацию штаммов S.haemolyticus — по результатам MLST. Для кластерного анализа данных MLST использован подход eBURST; изучение структурных из-менений в тагатозо-6-фосфат киназе проведено с помощью платформы InterProScan и программ сайта SWISS-MODEL; анализ изменчивости аллелей генов схемы MLST выполнен на основе пакета программ MEGA4.0. Результаты: В выборке 102 штаммов КОС выявлено 28 штаммов вида S.haemolyticus. Разработанная впервые схема MLST для S. haemolyticus, включающая гены mvaK, rphE, tphK, gtr, arcC, tpiA, aroE, позволила дифференцировать выборку штаммов по 11 генотипам. Штаммы с ST 3,8,6,1,4,5 и 11 отличались наибольшей эпидемиологической значимостью. Кластерный и филогенетический анализ полученных данных показал высокую адаптационную способность внутрибольничных штаммов S.haemolyticus. У проанализированных штаммов выявлена мультирезистентность к антибактериальным препаратам. Заключение: Разработанный метод MLST эффективен в дифференциации штаммов S.haemolyticus, циркулирующих в стационарах и представляющих опасность как для новорожденных, так и для госпитализированных взрослых пациентов.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2011
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2011.-N 5.-С.62-67. Библ. 14 назв.
Просмотров: 80