АЛГОРИТМ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ БЕТА-ЛАКТАМАЗЫ СТХ-М-ТИПА, МЕТОДОМ АНАЛИЗА ПОЛИМОРФИЗМА ДЛИН РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ ПЦР-ПРОДУКТА

Аннотация:

Предложен алгоритм пошаговой идентификации генов blастх-м, детерминирующих устойчивость к цефалоспоринам III—IV поколений у грамотрицательных бактерий, который позволяет определить 49 генов из 96, размещенных к настоящему времени в базе данных GenBank. Остальные 47 генов определяются в составе небольших подгрупп, включающих от 2 до 6 генов, за исключением подгруппы blастх-м.14-подобных генов, состоящей из 13 генов. Идентификацию генов blастх_м проводят с помощью двухэтапного метода анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ПЦР-продукта (ПЦР-ПДРФ) размером 544 п. н. На первом этапе с помощью рестриктазы Alu I определяют принадлежность гена к одному из 5 подтипов (кластеров) генов blастх.м: кластеру 1, кластеру 2, кластеру 8, кластеру 9 или кластеру 25. Кроме того, уже на этом этапе идентифицируют 4 гена: blаСТх-м-59 (кластер 2); blастх.м-63 (кластер 8), blастх.м.45 (кластер 9) и b1астх-м-78 (гибрид между кластерами 2 и 25). На втором этапе пошагово идентифицируют гены внутри каждого кластера отдельно с помощью набора из 26 эндонуклеаз рестрикции. Таким образом, в результате ПЦР-ПДРФ-анализа определяют до индивидуального типа 23 гена кластера 1,11 генов кластера 2, 4 гена кластера 8, 9 генов кластера 9, 1 ген кластера 25, а также 2 гибридных гена: blастх-м-78 (гибрид между кластерами 2 и 25) и blастх.м_64 (гибрид между кластерами 1 и 9).

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2011
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2011.-N 4.-С.7-13. Библ. 12 назв.
Просмотров: 63