КООПЕРАТИВНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ В ТАНДЕМАХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ И ИХ ПРОИЗВОДНЫХ НА КОМПЛЕМЕНТАРНОЙ МАТРИЦЕ

Аннотация:

Определены коэффициенты (х контактной кооперативности для нескольких трехкомпонентных систем, состоящих из олигонуклеотида-мишени и образующих тандем комплементарных олигонуклеотидов или их производных. Первый из них (реагент) несет на 5'-конце ^2-хлорэтил-1^-метиламинофенильный остаток (RCI), а второй (эффектор) либо не модифицирован, либо представляет собой 3',5'-<шс-феназиниевое производное. Величины а определяли, как отношения констант ассоциации реагента в отсутствие и в присутствии насыщающей концентрации эффектора из зависимости предельной степени алкилирования мишени от начальной концентрации реагента. Показано, что при контакте в тандеме двух немодифицированных остатков нуклеотидов < составляет величину 3-5 и возрастает в несколько раз при введении на один из контактирующих остатков фрагмента феназиния (Phn). При наличии на 3'-конце реагента нуклеотида, не комплементарного мишени, кооперативное взаимодействие с 5'-концевым фрагментом немодифицированного эффектора исчезает. Отсутствует также взаимодействие фрагмента RCI с 3'-концевым нуклеотидом соседнего немодифицированного компонента тандема. Однако в обоих случаях взаимодействие появляется при наличии в области контакта остатка феназиния. Проведен теоретический анализ возможности метода гибридизации для дискриминации на мишени ошибочных оснований при замене одного протяженного олигонуклеотидного зонда несколькими короткими, образующими тандем. Показано, что при этом требуется существенное повышение концентрации зондов по сравнению с использованием в качестве зонда единого протяженного олигонуклеотида. В то же время, при благоприятных значениях величин а фактор дискриминации V, равный отношению констант ассоциации реагента с полностью комплементарным участком мишени и участком, содержащим ошибочное основание, может увеличиться при гибридизации с тандемом олигонуклеотидов по сравнению с использованием единого протяженного олигонуклеотида.

Авторы:

Издание: Молекулярная биология
Год издания: 1998
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 1998.-N 1.-С.141-147
Просмотров: 17