СТАНДАРТНЫЙ АЛГОРИТМ МОЛЕКУЛЯРНОГО ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS

Аннотация:

Цель работы. Разработка стандартного алгоритма молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis, обеспечивающего установление подвидовой, биоварной и очаговой принадлежности исследуемого изолята. Определение характерных генотипов штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов из различных природных очагов чумы Российской Федерации и ближнего зарубежья. Материалы и методы. Генотипирование 192 природных штаммов Y. pestis основного и неосновных подвидов проводили с помощью методов ПЦР, мультилокусного секвенирования и мультилокусного анализа числа вариабельныхтандемныхповторов. Результаты. Разработан стандартный алгоритм молекулярного типирования возбудителя чумы, включающий несколько этапов дифференциации штаммов Yersinia pestis по их принадлежности: к основному или неосновным подвидам, различным биоварам основного подвида, конкретному подвиду; природным очагам и географическим территориям. Алгоритм основан на 3 методах типирования — ПЦР, муль-тилокусном сиквенс-типировании и мультилокусном анализе числа вариабельных тан-демных повторов с применением стандартных ДНК-мишеней — генов жизнеобеспечения (terC, ilvN, inv, glpD, napA, rhaS и araC) и семи локусов вариабельных тандемных повторов (msOl, ms04, ms06, ms07, ms46, ms62, ms70). На большом количестве природных штаммов Y. pestis показана эффективность разработанного алгоритма. Установлены характерные сиквенс-типы штаммов Y. pestis различных подвидов и биоваров, а также MLVA7 генотипы штаммов из природных очагов чумы Российской Федерации и ближнего зарубежья. Заключение. Применение разработанного алгоритма повысит эффективность эпидемиологического мониторинга возбудителя чумы и анализа эпидемий и вспышек чумы с установлением источника происхождения штамма и путей заноса инфекции.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2012
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2012.-N 3.-С.25-35. Библ. 15 назв.
Просмотров: 99