МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВАРИАНТОВ ВИЧ-1 СУБТИПОВ А И В, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ

Аннотация:

Изучение филогенетических взаимосвязей вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, циркулирующих на территории Новосибирской области (НСО). Исследованы 268 вариантов ВИЧ-1, выделенных в 2007 — 2010 годах из образцов крови пациентов, инфицированных ВИЧ, в НСО, Самаре, Конго и Москве. Генотипирование вариантов ВИЧ-1 проводили путем анализа нуклеотидных последовательностей участка гена pol длиной 1,3 тыс. нуклеотидных остатков. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы Mega версия 4.1 путем построения филогенетических деревьев методом ближайших соседей. Нуклеотидные дистанции рассчитывали по методу Кимуры. Исследованные варианты ВИЧ-1 субтипа В формируют отдельные филогенетические группы с низкой степенью гомологии нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, объединенные по территориальному принципу и/или по времени инфицирования ВИЧ на одной территории, но не имеющие взаимосвязи с конкретными группами риска населения. ВИЧ-1 субтипа А представляют собой достаточно однородную монофилетическую группу. Не было выявлено филогенетических различий при исследовании ВИЧ-1, выделенных от пациентов из групп риска потребителей инъекционных наркотиков и лиц, инфицированных при половых контактах. Варианты ВИЧ, выделенные от пациентов, инфицированных в Москве и в Самаре, в основном группировались с вариантами ВИЧ, циркулирующими в европейской части России. На территории сибирского региона наблюдается независимая циркуляция генетически обособленных групп ВИЧ-1 субтипа В, являющаяся результатом множественных независимых заносов отдаленных вариантов вируса. Подтвержденная ограниченность распространения данного генетического варианта ВИЧ-1 с вытекающей территориальной обособленностью создают возможность для формирования генетически отличающихся вирусных популяций. Проведенные исследования вирусов субтипа А подтверждают выявленную ранее для других территорий России высокую степень гомогенности ВИЧ-1, относящихся к данному генетическому варианту. Монофилетичность вариантов ВИЧ субтипа А объясняется наложением двух факторов — территориальной мобильностью населения внутри страны и отсутствием специфических путей передачи ВИЧ-1 субтипа А.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2012
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2012.-N 6.-С.45-52. Библ. 9 назв.
Просмотров: 55