ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОСТОВСКОЙ ОБЛАСТИ

Аннотация:

Определение происхождения двух штаммов Vibrio cholerae, выделенных на территории Ростовской области, с использованием данных полногеномного секвенирования. Исследовали токсигенный штамм 2011EL-301 —V. cholerae 01 ЭльТор Inaba №301 (ctxAB+, tcpA+) и нетоксигенный штамм V. cholerae 01 Ogawa Р-18785 (ctxAB+, tcpA+). Секвенирование проводили на платформе MiSeq. Филогенетический анализ полученных геномов проведен на основе сравнения консервативной части исследуемых и ранее секвенированных 54 геномов. Геном штамма 2011EL-301 был представлен 164 контигами со средним покрытием 100, показатель N50 составил 132 тыс. п.о., для штамма Р-18785-159 контигами с покрытием 69, N50 — 83 тыс. п.о. Полученные контиги для штамма 2011EL-301 депонированы в базах данных DDBJ/EMBL/GenBanic с номером доступа AJFN02000000, для штамма Р-18785 - ANHS00000000. Было выявлено 716 белок-кодирующих ортологичных генов. По результатам филогенетического анализа штамм Р-18785 относится к субгруппе PG-1 (группа штаммов-предшественников 7 пандемии). Штамм 2011EL-301 относится к группе штаммов 7 пандемии и включается в кластер с поздними и юлятами, которые ассоциированы со случаями холеры в ЮАР и случаями заноса холеры в США из Пакистана. Полученные данные позволили установить филогенетические связи с ранее выделенными штаммами V. cholerae.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2013
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2013.-N 6.-С.13-20. Библ. 15 назв.
Просмотров: 55