ЛИНЕЙНАЯ СТРУКТУРА ЦЕНТРАЛЬНОЙ ЧАСТИ ТОЧКИ НАЧАЛА РЕПЛИКАЦИИ ДНК AMPD2 ЛОКУСА МЛЕКОПИТАЮЩИХ

Аннотация:

Идентификация консенсусных нуклеотидных последовательностей точек начала репликации у млекопитающих представляет собой сложную противоречивую задачу. Согласно одной из интересных гипотез, локальная топология ДНК может играть роль при ее узнавании белковыми факторами репликации. Элементы вторичной структуры ДНК, в том числе внутренние изгибы ДНК, легко выявить, и они могут являться признаком специфической структуры в пределах или рядом с точками начала репликации млекопитающих. В данной работе при помощи анализа in silico и метода циклической перестановки проведено полное картирование участков внутренних изгибов ДНК (1BDS, the intrinsically bent DN A sites) в точках начала репликации oriGNAI3, oriC, oriВ и orL4 амплифицированного домена гена AMPD2 млекопитающих. Полученные результаты свидетельствуют о том, что каждая точка начала репликации содержит сайт 1BDS, фланкирующий ее центральный участок. Кроме того, согласно in silico анализу расположения нуклеосом, центр IBDS находится в участке, свободном от нуклеосом (NFR, nucleosome-free region). В статье рассмотрены структуры каждого из этих участков искривления ДНК, а также их геометрические параметры и топология. Представленные в настоящей статье данные указывают на то, что точка начала репликации or\GNAI3, преимущественно использующаяся для инициации репликации в амплифицированном домене AMPD2, является единственной, в которой обнаружен прямой узкий участок, фланкированный с обеих сторон двумя участками внутреннего изгиба ДНК на небольшом расстоянии (-300 пар нуклеотидов, п.н.). Однако во всех точках начала репликации был обнаружен как минимум один 1BDS, расположенный в участке, свободном от нуклеосом. Эти результаты указывают на то, что структурные особенности могут рассматриваться как характерные черты точек начала репликации у млекопитающих, следовательно, последние могут быть идентифицированы и охарактеризованы.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2014
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2014.-N 1.-С.49-56. Библ. 41 назв.
Просмотров: 60