СПЕКТР ГЕНОТИПОВ РОТАВИРУСОВ, ЦИРКУЛИРОВАВШИХ НА ТЕРРИТОРИИ НИЖНЕГО НОВГОРОДА В 2005-2012 ГОДЫ. ДОМИНИРОВАНИЕ ГЕНОТИПА G4P[8]

Аннотация:

С использованием электрофоретипирования РНК, мультиплексной nUP и секвенирования участков генома показано генетическое разнообразие ротавирусов, циркулировавших на территории Нижнего Новгорода в 2005-2012 голах, которое было представлено двумя видами - А (99,8%) и С [0,2%], восемью С[Р]-генотипами ротавирусов вида А и сорока четырьмя электрофоретипами РНК (геновариантами). Установлен спектр и распределение генотипов: С4Р[8] - 54,5%, С1Р[8] - 15,9%, С2Р[4] - 7,3%, G9P[8] - 4,4%, СЗР[8] - 3,8%, редкие генотипы G3P[9], СЗР[Б] и СбР[9] выявлены в 2,7%, 0,2%, 0,2% случаев соответственно. Филогенетический анализ последовательностей генов, кодируюших белки VP7, VP4(VP8*), VP5 и NSP4, показал принадлежность ротавирусов доминирующего в период наблюдения генотипа С4Р[8] к сублинии G4-lc, линиям Р[8]-3, 11-2, Е1-1. Полученные данные могут быть использованы в дальнейшем для опенки изменений в структуре ротавирусных популяций. Ключевые слова: ротавирус, генотип, электрофоретип, филогенетический анализ. Ротавирусная инфекция занимает ведущее место в структуре острых кишечных инфекций (ОКИ) преимущественно у детей младшего возраста, широко распространена во всем мире и наносит существенный социально-экономический ущерб [1]. В настоящее время разработаны ротавирусные вакцины, эффективность применения которых может зависеть от антигенных свойств циркулирующих ротавирусов. Генетическое и антигенное разнообразие ротавирусов (род Rotavirus семейство Reoviridae) определяется вариабельностью генома, состоящего из 11 сегментов двунитевой РНК, кодирующих шесть структурных (VP1-VP4, VP6, VP7) и шесть неструктурных (NSP1-NSP6) белков. Различия в электрофоретической подвижности сегментов при электрофорезе в полиакриламидном геле используют для определения электрофоретипа (ЭФ-типа) РНК ротавирусов [2, 3]. Для молекулярной характеристики штаммов ротавирусов определяют последовательности генов, кодирующих четыре ключевых белка - белки наружного капсида VP7 (G-протеин) и VP4 (Р-протеин), к которым в организме инфицированного человека вырабатываются вируснейтрализующие антитела, белок внутреннего капсида VP6 (l-протеин), несущий видовые антигенные детерминанты, и неструктурный белок NSP4 (Е-протеин), являющийся вирусным энтеротоксином [4]. На свойствах белков VP7 и VP4 основана бинарная классификация, отражающая комбинацию G и [Р] серотип/генотипов ротавируса [4]. По данным мета-анализа в период 1996-2007 годов пять наиболее распространенных в мире вариантов - G1P[8], G3P[8], G2P[4], G4P[8], G9P[8] - составляли 74,7% циркулирующих ротавирусов при доминировании G1P[8] [5]. В наших исследованиях по идентификации G[P] типов ротавирусов человека, распространенных на территории Нижнего Новгорода и г. Дзержинска в 1997-2005 годы, также было показано преобладание G1P[8] [6]. Целью настоящей работы явилось определение спектра G[P] типов ротавирусов, циркулировавших на территории Нижнего Новгорода в 2005-2012 годах, и молекулярная характеристика доминирующего генотипа вируса.

Авторы:

Издание: Медицинский альманах
Год издания: 2014
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2014.-N 2.-С.52-57. Библ. 35 назв.
Просмотров: 59