Генетическая характеристика вирусов Сахалин (SAKV -Sakhalin virus), Парамушир (PMRV - Paramushir virus) (Bunyaviridae, Nairovirus, группа Сахалин) и Рукутама (RUKV - Rukutama virus) (Bunyaviridae, Phlebovirus, группа Укуниеми), изолированных от облигатных паразитов колониальных морских птиц - клещей Ixodes (Ceratixodes) uriae, White 1852 и I. signatus Birulya, 1895 в бассейнах Охотского и Берингова морей

Аннотация:

В работе впервые определены последовательности генома трех вирусов, два из которых - Сахалин (SAKV - Sakhalin virus; ID GenBank KF801659) и Парамушир (PRMV - Paramushir virus; KF801656) - входят в группу Сахалин в составе рода Nairovirus (Bunyaviridae). Уровень гомологии каталитического центра РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) нуклеотидных последовательностей PRIVIV и SAKV составляет около 81%, аминокислотных - 98,5%. С другими наировирусами, для которых известна полная последовательность генома, SAKV обладает гомологией в среднем от 25% (белок нуклеокапсида N) до 50% (RdRp). При этом максимальный уровень гомологии (50,3% по RdRp) SAKV имеет с вирусами Крымской-Конго геморрагической лихорадки (CCHFV - Crimean-Congo hemorrhagic fever virus), Дугбе (DUGV - Dugbe virus) и болезни овец Найроби (NSDV - Nairobi sheep disease), которые так же, как и SAKV, экологически связаны с иксодовыми клещами (Ixodidae). Третий вирус, изученный в данной работе, - Рукутама (RUKV - Rukutama virus; KF892052-KF892054) - на основании антигенных и морфологических характеристик был ранее предварительно отнесен к роду Nairovirus, предположительно - к группе Сахалин. Согласно результатам проведенного анализа полной последовательности генома RUKV является представителем рода Phlebovirus (Bunyaviridae). RUKV обладает высоким уровнем гомологии (93-95,5%) с ранее описанным новым флебовирусом Командоры (KOMV- Komandory virus). RUKV и KOMV формируют отдельную филогенетическую ветвь в составе группы Укуниеми (UUKV- Uukuniemi virus). Из флебовирусов данной группы RUKV и KOMV наиболее близки к вирусу Манава (MWAV - Manawa virus), изолированному из клещей Argas abdussaiami Hoogstraal et McCarthy, 1965 в Пакистане, и обладают с ним 65-74% гомологией.

Авторы:

Издание: Вопросы вирусологии
Год издания: 2014
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2014.-N 3.-С.11-17. Библ. 36 назв.
Просмотров: 75