ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ РОТАВИРУСОВ ГРУППЫ А

Аннотация:

Цель. Оценить разрешающую способность и диагностическую ценность метода мультиплексной ПЦР в режиме реального времени (МП ПЦР-РВ) в качестве базисной платформы для создания тест-систем G/P генотипирования штаммов ротавирусов группы А. Материалы и методы. Конструирование праймеров и ДНК зондов для экспериментальной тест-системы на основе МП ПЦР- РВ проведено с помощью специализированных компьютерных программ на основе баз данных CMKBeHCoeGenBankNCBI,EMBLNucleotide Sequence Database и др. Экспериментальная тест-система генотипирования испытана на 116 клинических образцах с подтвержденной ротаврусной инфекцией и 14 биопробах, негативных по РНК ротавирусов группы А. В качестве референс-метода для проверочного определения генотипа ротавирусов в исследуемых образцах использовано выборочное секвенирование маркерных локусов генов VP7, VP6, VP4. Результаты. Установлено специфическое взаимодействие праймеров и ДНК зондов с генотип-специфическими локусами сегментов ротави-русных геномов и отсутствие ложноположительных сигналов, полное совпадение результатов генотипирования полученных методом МП ПЦР-РВ и секвенированием. Заключение. Разрешающая способность метода МП П ЦР-РВ позволяет проектировать на его основе тест-системы, способные уверенно идентифицировать генотипы ротавирусов с эффективностью 90% и выше.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2014
Объем: 17с.
Дополнительная информация: 2014.-N 4.-С.43-59. Библ. 25 назв.
Просмотров: 66