ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМА ПЕРЕДАЧИ АЛЛОСТЕРИЧЕСКИХ СИГНАЛОВ В РИБОСОМЕ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Аннотация:

Рибосома представляет собой молекулярную машину, которая синтезирует все клеточные белки, транслируя генетическую информацию, закодированную в полинуклеотидной цепи информационной РНК. Известно, что переход от одной стадии рабочего цикла рибосомы к последующей строго координирован изменениями структуры и взаимного расположения как субъединиц самой рибосомы, так и ее лигандов. При этом информация о структурных перестройках передается из одного функционального центра рибосомы в другой с помощью специфических сигналов. Поскольку функциональные центры рибосомы, как правило, находятся друг от друга на расстоянии, достигающем нескольких десятков ангстрем, считается, что передача таких сигналов осуществляется аллостерически. В настоящей работе изучали каким образом может передаваться аллостерический сигнал из одного т.н. сенсорного центра рибосомного туннеля (РТ) в пептидил-трансферазный центр рибосомы (ПТЦ). Методом моделирования молекулярной динамики (МД) изучали сегмент стенки РТ рибосомы Е. coli, состоящий из нуклеотидмых остатков А2058, А2059, m2A2503, G2061, А2062 и С2063 23S рРНК. Показано, что потенциальный сигнал-передающий путь А2058—С2063 ведет себя как динамический ансамбль взаимозависимых конформационных состояний, изменения в котором могут происходить путем каскада. Высказано предположение, что структурная перестройка сегмента А2058—С2063 РТ приводит к обратимой инактивации ПТЦ, вследствие образования сильного стэкинг-контакта функционально важного остатка ПТЦ U2585 с нуклеотидпым остатком С2063. Обсуждается возможная роль наблюдаемого конформационного перехода в сегменте А2058—С2063 в регуляции работы рибосомы.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2015
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2015.-N 8.-С.1250-1261. Библ. 66 назв.
Просмотров: 27