ДИНАМИКА И МЕХАНИЗМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ГЕТЕРОГЕКСАМЕРНЫХ КОЛЬЦЕВЫХ КОМПЛЕКСОВ БЕЛКОВ ТIР49а/b С ДВУХНИТЕВОЙ ДНК

Аннотация:

Эволюционно-высококонсервативные белки ТIР49а и ТIР49b, принадлежащие к суперсемейству ААА+ ДНК-зависимых АТФаз, вовлечены во многие внутриклеточные процессы, такие как ремоделирование хроматина, регуляция транскрипции и клеточного деления во время митоза, поддержание стабильности генома, биогенез snoRNP, а также в образование активного комплекса теломеразы и ДНК. Показано, что эти белки принимают активное участие в сложных сетях белок-белковых взаимодействий и, несмотря на структурное сходство, в некоторых случаях выполняют противоположные функции. Несмотря на разнообразие проявляемых активностей, механизмы действия этих белков пока мало изучены. В настоящей работе с помощью методов молекулярного докинга впервые получены комплексы кольцевых гетерогексамерных структур белков ТIР49а/b с короткими фрагментами двухнитевой ДНК (днДНК, 20 пар оснований различного GC-состава) в центральном канале и с помощью методов молекулярной динамики (МД) в периодическом водном боксе изучены конформационная динамика и механизмы геликазной активности этих белков. Было показано следующее: 1) взаимодействие с положительно заряженными белковыми петлями в центральном канале кольцевого гексамерного комплекса исследуемых белков приводит к раскручиванию спирали ДНК; 2) это раскручивание происходит только внутри гексамерного кольца, в то время как концы, находящиеся снаружи, в течение 50 не МД сохраняют начальную конформацию классической В-формы; 3) присутствие АТФ в комплексе с белками ТIР49а/b влияет на динамику и конечную структуру днДНК, приводя к разрыву части комплементарных связей в GC-бедных последовательностях ДНК.

Авторы:

Издание: Цитология
Год издания: 2005
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2015.-N 10.-С.671-678. Библ. 23 назв.
Просмотров: 20