StructAlign - ПРОГРАММА ДЛЯ ВЫРАВНИВАНИЯ СТРУКТУР ДНК-БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ

Аннотация:

Сравнительный анализ структур комплексов гомологичных белков с ДНК важен для анализа узнавания ДНК белками. Необходимый этап сравнительного анализа — выравнивание, т.е. установление соответствия аминокислотных остатков и нуклеотидов одного комплекса аминокислотным остаткам и нуклеотидам другого. В настоящий момент доступных программ для выравнивания структур ДНК-белковых комплексов не существует. Мы представляем программу StructAlign, которая призвана заполнить этот пробел. В качестве входных данных программа принимает две структуры комплексов двойной спирали ДНК с белками и выдает выравнивание цепей ДН К, отвечающее наилучшему пространственному совмещению цепей белка. Пространственные структуры гомологичных белков, как правило, весьма сходны между собой. Сравнительный анализ сходных структур часто помогает выявлять особенности этих структур, важные для функции соответствующих белков. ДНК-связывающие белки образуют семейства, в пределах которых консервативна не только укладка белковой молекулы, но и ее расположение на двойной спирали ДНК. В этом случае имеет смысл проводить сравнительный анализ структур ДНК-белковых комплексов. Необходимый этап сравнительного анализа структур — их выравнивание. Под выравниванием мы понимаем задание соответствия остатков одной структуры остаткам другой. Выравнивание структур отдельных цепей белка выполняется многими программами. К сожалению, не существует общедоступных программ, которые выполняют выравнивания макромолекулярных, в т.ч. ДНК-белковых комплексов.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2015
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2015.-N 11.-С.1683-1687. Библ. 6 назв.
Просмотров: 24