MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ШТАММОВ LEPTOSPIRA SPP., ИСПОЛЬЗУЕМЫХ В СЕРОДИАГНОСТИКЕ ЛЕПТОСПИРОЗА

Аннотация:

Цель. Создание классификационной модели сероваров Leptospira spp. с помощью программного обеспечения ClinProTools 3.0 и оценка использования MALDI-TOF MS в качестве метода контроля качества референсных штаммов лептоспир. В исследовании использовали десять референсных штаммов Leptospira spp. согласно реакции микроскопической агглютинации из коллекции НИИЭМ им. Пастера. Все штаммы культивировали в течение 10 дней в среде Терских при 28°С. Экстракты клеток были получены этанол/муравьино-кислотным методом. Раствор а-циано-4-гидроксикоричной кислоты использовали в качестве матрицы. Масс-спектры были получены на Microflex масс-спектрометре (Bruker Daltonics, Германия). Внешняя валидация тестмодели была проведена с помощью новых спектров каждого референс-штамма при их повторном пересеве. В результате значения кросс-валидации и подтверждающей способности оптимальной модели, построенной на генетическом алгоритме, составили 99,14 и 100% соответственно. Эта модель содержала 11 биомаркерных пиков ( m/z 2959, 3447, 3548,3764,3895,5221,5917,6173,6701,7013,8364) для классификации сероваров. Результаты внешней валидации показали 100% правильную классификацию в классах сероваров в Sejroe, Ballum, Tarassovi, Copenhageni, Mozdoc, Grippotyphosa и Patoc, что указывает на высокую прогностическую способность модели в этих классах. Однако данные верификационной матрицы показали, что 50% из спектров от сероваров Canicola и Pomona были классифицированы как класс Patoc, что, возможно, связано с перекрестной серологической реактивностью L.biflexa серовара Patoc с патогенными лептоспирами. Заключение. Метод MALDI-TOF масс-спектрометрии в сочетании с построением и использованием классификационной модели может быть полезным инструментом для внутрилабораторного контроля пересева лептоспир.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2015
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2015.-N 6.-С.28-36. Библ. 14 назв.
Просмотров: 35