КОНФОРМАЦИОННЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ G-БОГАТЫХ ФРАГМЕНТОВ ALU-ПОВТОРОВ ДНК. I. НЕКАНОНИЧЕСКИЕ СТРУКТУРЫ

Аннотация:

Впервые системно рассмотрен информационный полиморфизм G-богатых фрагментов Alu-повторов ДНК (Alu). Ретротранспозоны Alu - короткие диспергированные повторы, широко представленные в геномах приматов. На примере последовательностей Alu-интрона проонкогена bс12 и консенсусного AluSx методом биоинформатического анализа определены характерные сайты (PQS), способные формировать G-квадруплексы (GQ). Показано, что в геноме человека они ассоциированы практически исключительно с Alu-повторами. Составлено представление о частотах встречаемости PQSAlu (-1/10000 п.н.); установлено, что они наиболее характерны для молодых (активных) семейств AluY-повторов. Получены рекомбинантные последовательности Alu гена bс12 (304 п.н.) и мутант Alu-PQS. Методами DMS-футпринтинга и атомно-силовой микроскопии (АСМ) показана реализация неканонических структур в составе ДНК Alubcl2 и их отсутствие в Alu-PQS. Получены экспрессионные векторы, несущие вставки природного и мутантного Alu в промоторной области репортерного гена, и сопоставлены их регуляторные эффекты при трансфекции культур клеток НЕК293 и HeLa. Мы предполагаем, что изучение динамики пространственной организации Alu-повторов ДНК может внести вклад в понимание механизмов геномных перестроек, лежащих в основе многих онкологических и нейродегенеративных патологий. Ключевые слова: G-квадруплекс ДНК, Alu-повторы, динамика вторичных структур ДНК

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2016
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2016.-N 5.-С.535-543. Библ. 33 назв.
Просмотров: 29