ГИС: ВОЗМОЖНОСТИ АНАЛИЗА ДАННЫХ ФЕНО- И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ 01 СЕРОГРУППЫ ЭЛЬ ТОР, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ВОДНЫХ ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Аннотация:

Цель. Применение авторской ГИС «Холера 1989-2014» для систематизации атоксигенных штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы (ctxAB-tcpA-, ctxAB-tcpA+), выделенных из водных объектов окружающей среды, по фено- и генотипу. Изучена выборка из 304 штаммов Vibrio cholerae 01. Проведено выявление 39 генов, связанных с патогенностью. Дискриминационную способность набора генов определяли по формуле Симпсона. Кластерный анализ проводили по методу UPGMA. В результате спомощью ГИС был проведен анализ многолетних данных о циркуляции водных штаммов V. cholerae 01 на территории субъектов страны. Показана возможность систематизации фенотипов изолированных штаммов по заданным параметрам. Разработана экспериментальная программа для выявления наличия/отсутствия различных генов и их комбинаций для генотипирования. Установлено, что ГИС позволяет проводить анализ фенотипов по заданным параметрам, а также осуществлять ориентировочную систематезацию генотипов атоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 по оптимально достаточной детекции 14 генов

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2016
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2016.-N 6.-С.19-25. Библ. 6 назв.
Просмотров: 20