КОНФОРМАЦИОННЫЕ ЭФФЕКТЫ МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКИНГА 3D МОДЕЛИ БЫЧЬЕЙ ТЕСТИКУЛЯРНОЙ ГИАЛУРОНИДАЗЫ С ХОНДРОИТИНСУЛЬФАТНЫМ И ГЕПАРИНОВЫМ ЛИГАНДАМИ

Аннотация:

Цель исследования: изучить начальные стадии докинга 3D модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы (БТГ) с тримером (гексасахаридом) хондроитинсульфата и тетрамером (октасахаридом) гепарина для выяснения механизма регуляции функционирования этого фермента в организме. Материалы и методы: использованы методы расчетной биохимии in silico для анализа докинга построенной нами 3D модели БТГ с гликозаминогликановыми лигандами. Результаты: продемонстрировано наличие на молекулярной поверхности 3D модели БТГ нескольких центров связывания тримеров хондроитинсульфата и тетрамеров гепарина. Показано осуществление как обратимых, так и необратимых конформационных изменений 3D структуры БТГ в зависимости от расположения других отрицательно заряженных лигандов на поверхности молекулы БТГ. При необратимом характере изменений ключевые для каталитической активности БТГ аминокислотные остатки Glu-149 и Arg-147 выталкиваются вниз и перемещаются из области активного центра нативного фермента на периферию гиалуронидазной молекулы, вызывая инактивацию биокатализатора. Взаимодействие гликозаминогликановых лигандов с активным центром БТГ не носит специфического характера, а обусловлено электростатическими силами.

Авторы:

Издание: Кардиологический вестник
Год издания: 2016
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2016.-N 4.-С.70-75. Библ. 15 назв.
Просмотров: 17