КОНФОРМАЦИОННЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ G-БОГАТЫХ ФРАГМЕНТОВ ALU-ПОВТОРОВ ДНК. II. ПОТЕНЦИАЛЬНАЯ РОЛЬ G-КВАДРУПЛЕКСНЫХ СТРУКТУР В ГЕНОМНЫХ ПЕРЕСТРОЙКАХ

Аннотация:

Показана способность трёх консервативных G-богатых участков Alu-повторов (PQS2, PQS3 и PQS4) формировать in vitro стабильные внутри и межмолекулярные G-квадруплексы (GQ). Спектральными методами определены их структура и топология. Проведено исследование самоассоциации G-богатых фрагментов Alu. С использованием FRET-эффекта впервые показано образование димерных GQ из дистально расположенных сайтов (PQS2)2, (PQS3)2 и PQS2-PQS3 в составе протяжённой однонитевой ДНК. Методами DOSY ЯМР, АСМ, дифференциального КД-анализа показано, что олигомер PQS4 (параллельный GQ) образует стопки, стабилизированные стекинг-взаимодействиями внешних G-тетрад. Сравнительный анализ свойств различных GQ позволил высказать предположение об универсальности механизмов межмолекулярных GQ-зависимых геномных перестроек двух типов: образование димерных GQ из фрагментов разных молекул и формирование GQ-GQ-стопок взаимодействием уже сложившихся в составе разных ДНК параллельных GQ. Ассоциация G-богатых мотивов Alu с локусами, чувствительными к разрывам и перестройкам, может быть обусловлена не только особенностями структуры G-богатых фрагментов Alu, но, в первую очередь, их высокой представленностью в геноме.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2016
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2016.-N 6.-С.630-637. Библ. 16 назв.
Просмотров: 26