ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ДНК-МАТРИЦЫ В КАЧЕСТВЕ КОНТРОЛЯ ПРИ ПРОВЕДЕНИИ ТРАНСКРИПТОМНОГО АНАЛИЗА НА СТАНДАРТНЫХ МИКРОЧИПАХ AGILENT TECHNOLOGIES

Аннотация:

Достоверность результатов транскриптомного анализа на микрочипах достигается многоступенчатой нормализацией полученных данных. Одно из важных условий для такой нормализации - наличие внутренних контролей. При подготовке проб по стандартному протоколу фирмы Agilent Technologies в качестве таких контролей используется набор Spike-In Kit, представляющий собой смесь разных РНК в известных соотношениях. Синтезированные in vitro молекулы РНК применялись в исследованиях зависимости между интенсивностью флуоресцентного сигнала и наличием РНК в образце. К минусам таких контролей можно отнести сравнительную сложность их получения и нестабильность РНК. Поскольку основой для синтеза меченой кРНК при пробоподготовке по протоколу Agilent является наличие Т7 промотора, мы предположили, что таким же успешным будет синтез любой последовательности, имеющей в начале такой промотор. Более того, в качестве матрицы может выступать молекула ДНК. В ходе нашей работы на примере нескольких генов, включенных в плазмидную ДНК после Т7-промотора, было показано, что такая конструкция является полноценной матрицей для синтеза РНК с включением флуоресцентной метки. По сравнению с классическим типом внутренних контролей на основе РНК, такая матрица отличается стабильностью, простотой изготовления и легко может быть получена в больших количествах.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2016
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2016.-N 6.-С.715-719. Библ. 12 назв.
Просмотров: 28