ПОДВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

Аннотация:

Цель: Разработка способа дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов на основе метода ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени. Поиск ДНК мишеней для дифференциации подвидов возбудителя чумы проводили с помощью программ Mauve 2.3.1, Mega 5.0 и алгоритма BLAST на основе сравнения полногеномных последовательностей секвенированных штаммов Y.pestis. На найденные ДНК мишени рассчитывали праймеры и зонды в формате TaqMan, оптимизировали условия проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. В результате найдены ДНК мишени, несущие мутации, маркерные для штаммов кавказского, алтайского, гиссарского, улегейского подвидов, штаммов из Таласского высокогорного очага чумы. Эффективность найденных ДНК мишеней и разработанного способа подвидовой дифференциации подтверждена на 101 штамме Y.pestis разных подвидов, выделенных в природных очагах России, ближнего и дальнего зарубежья. Разработанный способ на основе метода ПЦР с регистрацией результатов в режиме реального времени обеспечивает проведение быстрой и эффективной дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2017
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2017.-N 5.-С.22-27. Библ. 6 назв.
Просмотров: 36