ОБНАРУЖЕНИЕ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РЕАССОРТАНТНЫХ DS-1-ПОДОБНЫХ GlP[8] ШTAMMOB РОТАВИРУСА ГРУППЫ А

Аннотация:

В работе дана молекулярная характеристика впервые обнаруженных на территории России реассортантных DS-1-подобных G1 Р[8]-штаммов ротавируса группы А (РВА), которые ранее были обнаружены в Японии и Таиланде. РВА GIP[8]-генотипа с DS-1-подобным "коротким" профилем РНК-ПААГ были идентифицированы у детей, госпитализированных с гастроэнтеритом в сезон 2013-2014 гг., когда их доля составила 2,6%. Филогенетический анализ был проведен на основе установленных нуклеотидных последовательностей 4 генов (VP7, VP8*(VP4), VP6 и NSP4). Нижегородские штаммы несли аллели G1-I и G1-II гена VP7, Р[8]-3 гена VP4. По гену VP6 2 нижегородских образца кластеризовались с реассортантными штаммами, изолированными на территории Японии, Таиланда и Австралии, и 2 образца, филогенетически близкие к типичным G2P[4] DS-1-подобным штаммам. По гену NSP4 реассортантные G1 Р[8]-штаммы кластеризовались отдельно от G3P[8] DS-1 -подобных штаммов РВА, изолированных в Австралии и Таиланде. Все исследованные штаммы по анализируемым генам кластеризовались отдельно от вакцинных штаммов Rotarix и RotaTeq. На основе проведенного филогенетического анализа сделан вывод о полифилетическом происхождении реассортантных штаммов. Скорость мутаций, оцененная на основе байесовского подхода в кластерах, включающих реассортантные штаммы, составила 1.004Е-3 (VP7), 1.227Е-3 (VP4), 3.909Е-4 (VP6), 4.014Е-4 (NSP4). Анализ tMRCA показал относительную современность аллелей реассортантов: VP7- 1998 (G1-I) и 1981 (G1-II), VP4- 1998, VP6- 1994, NSP4- 1979.

Авторы:

Издание: Вопросы вирусологии
Год издания: 2017
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2017.-N 2.-С.91-96. Библ. 24 назв.
Просмотров: 20