МЕТОД СЕЛЕКЦИИ ГЕНОВ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ КЛАСТЕРИЗАЦИИ СХОДНЫХ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Аннотация:

Предложен и апробирован новый метод селекции генов антибиотикорезистентности бактерий для решения задач, связанных с подбором праймеров для ПЦР-анализа. Метод заключается в кластеризации сходных нуклеотидных последовательностей и подборе групповых праймеров ко всем генам каждого кластера. Проведена кластеризация генов резистентности бактерий к шести группам антибиотиков (аминогликозидам, бета-лактамам, фторхинолонам, гликопептидам, макролидам и линкозамидам, фузидиевой кислоте). Апробацию метода проводили для 81 штамма бактерий разных родов, выделенных от пациентов стационара (Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus spp., Streptococcus agalactiae, Enterococcusfaecalis, Escherichia coli, Gardnerella vaginalis). Полученные нами результаты сопоставимы с аналогичными при подборе отдельных генов, что позволяет уменьшить количество праймеров, необходимых для максимально полного охвата известных генов антибиотикорезистентности при проведении ПЦР-анализа.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2017
Объем: 4с.
Дополнительная информация: 2017.-N 6.-С.784-787. Библ. 9 назв.
Просмотров: 45