НОВОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ДЛЯ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ПОЛНЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА

Аннотация:

В статье представлено описание разработанного программного обеспечения, предназначенного для обработки данных полных геномов микобактерии туберкулеза человека. С девяностых годов прошлого столетия для изучения геномов микобактерий туберкулеза (МБТ) используется полногеномное секвенирование. Для обработки данных полных геномов в течение последних двух десятилетий разрабатывается соответствующее программное обеспечение. Наиболее развитые коммерческие программные комплексы - DNA Star Laser Gene, Partek, Next Gene, Genomics Workbench. Наиболее популярное открытое бесплатное программное обеспечение - R Bioconductor, BioPython, BioRuby, Biojava, Galaxy. За последнее десятилетие появились сотни бесплатных программ-инструментов для обработки данных, обладающих разной вычислительной эффективностью и имеющих различное качество кода и документации. Однако специализированного программного обеспечения с хорошим понятным интерфейсом для обработки данных геномов МБТ немного, в том числе рассчитанного на врачей, микробиологов, биологов, профессионалов биомедицинских наук, имеющих знания пользователя персонального компьютера, но не имеющих навыков профессионального программирования, работы с командной строкой и настройкой непопулярных операционных систем, которыми являются на сегодняшний день Linux и его варианты. Цель работы: разработка программного обеспечения для обработки данных полных геномов МБТ с удобным понятным пользователю интерфейсом.

Авторы:

Издание: Туберкулез и болезни легких
Год издания: 2017
Объем: 4с.
Дополнительная информация: 2017.-N 6.-С.41-44. Библ. 20 назв.
Просмотров: 20