ВЫЯВЛЕНИЕ INDEL-МАРКЕРОВ В ГЕНОМАХ ШТАММОВ BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI ДЛЯ ВНУТРИВИДОВОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ

Аннотация:

Цель. Поиск потенциальных INDEL-маркеров в геномах штаммов Burkholderia pseudo-mallei, а также оценка возможности их использования для внутривидового генотипиро-вания. Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 25 штаммов В. pseudomallei с известными географическими регионами выделения из базы данных GenBank. Поиск IN DEL-маркеров осуществляли с использованием авторского программного обеспечения GeneExpert. Кластерный анализ проводили с помощью генетической дистанции по R. Sokal и С. Michener и метода ближайшего связывания. Результаты. Выявлено 11 INDEL- маркеров, которые позволили разделить исследуемые штаммы на 13 генотипов. Определен спектр INDEL-паттернов, характерный для австралийских штаммов. Показана возможность существования определенных филогеографических паттернов таиландских изолятов. Заключение. Выявлена возможность INDEL-маркеров дифференцировать изоляты В. pseudomallei на две географические популяции (астралий-ского и юго-восточноазиатского происхождения), которая позволит определять источник вспышки мелиоидоза и пути распространения возбудителя.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2017
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2017.-N 4.-С.35-41. Библ. 14 назв.
Просмотров: 32