ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ DE NOVO СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ БЕЛКОВ

Аннотация:

С использованием трёх программ de novo секвенирования (Novor, PEAKS и PepNovo+) проведена идентификация белков из набора, включающего 48 белков человека (набор UPS2 компании "Sigma-Aldrich", США). Экспериментальные данные получены при помощи тандемной масс-спектрометрии. В работе исследованы как набор данных белков, так и комбинированные пробы с добавлением экстракта Е. coli и плазмы крови человека. При использовании критерия идентификации (два пептида длиной не менее девяти остатков или один пептид не короче 13 остатков) в "чистой" пробе обнаружено 13 (Novor), 20 (Peaks) и 11 (PepNovo+) белков из набора UPS2. Для комбинированных проб результат был или сопоставимым, или хуже. При использовании предсказаний, включающих высокодостоверный фрагмент (TAG) последовательности длиной не менее 7 остатков, и "остаточные" (неидентифицированные) массы с N- и С-концов (PepNovo+), результат существенно улучшается (-20%) и хорошо идентифицируются масс-спектрометрические артефакты и, вероятно, РТМ.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2017
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2017.-N 4.-С.341-350. Библ. 15 назв.
Просмотров: 32