ПОСТРОЕНИЕ ТРЕХМЕРНОЙ МОДЕЛИ МОЛЕКУЛЫ КРЫСИНОГО АЛЬБУМИНА МЕТОДОМ ГОМОЛОГИЧНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ

Аннотация:

Известно, что альбумин способен расщеплять сложноэфирные связи в фосфорорганических соединениях (ФОС) и за счет большого количества этого белка в плазме крови может выступать как основное средство детоксикации ФОС. Большинство токсикологических исследований in vivo проводится на грызунах — мышах и крысах. Чтобы результаты исследования взаимодействия лигандов с альбумином можно было правильно экстраполировать на человеческий организм, необходимо провести сравнительный анализ структур крысиного (КСА) и человеческого (ЧСЛ) альбумина методами in silico. Рентгеноструктурный анализ КСА до сих пор не проведен, ею трехмерная структура не определена. Цель исследования — построить трехмерную модель КСА методом гомологичного моделирования. В качестве шаблонов из базы данных белковых структур отобрано 14 белков-гомологов КСА. По первичной последовательности КСА и трехмерным структурам отобранных шаблонов построена трехмерная структура молекулы крысиного альбумина. Методом минимизации энергии улучшена ее геометрия. Качество модели оценено по 9 показателям. Согласно проведенной оценке, 97 % белковых структур из сравнительного набора имеют данные показатели хуже, чем полученная модель. Сделан вывод, что построенная модель пригодна для дальнейших исследований, в частности для изучения методами in silico взаимодействия КСА с ФОС и для сравнительного анализа ЧСЛ и КСА с эволюционной точки зрения.

Авторы:

Издание: Журнал эволюционной биохимии и физиологии
Год издания: 2017
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2017.-N 5.-С.342-350. Библ. 45 назв.
Просмотров: 24