СТЕПЕНЬ ПОКРЫТИЯ АМИНОКИСЛОТНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ РАЗЛИЧНЫХ МЕТОДОВ АНАЛИЗА МАСС-СП ЕКТРОМЕТРИЧЕСКИХ ДАННЫХ, ПОЛУЧЕННЫХ НА МОДЕЛЬНЫХ БЕЛКАХ

Аннотация:

В работе проведена оценка на 5 модельных белках (CYB5A, SMAD4, RAB27B, FECH и СХХС1) степени покрытия аминокислотной последовательности в панорамной протеомике при использовании различных методов обработки данных, включающих поисковые системы (Mascot и XITandem) и программы de novo секвенирования (PEAKS, Novor и PepNovo+). Для достижения максимального результата в работе применялся мультипротеазный гидролиз (ферменты Трипсин, Lys-C, AspN и GluC) в растворе и по методике FASP. Масс-спектрометрический анализ высокого разрешения проводили с помощью гибридного масс-спектрометра Q Exactive HF в режиме положительной ионизации, родительские ионы с наибольшей интенсивностью и зарядом в диапазоне от +2 до +6, фрагментировали в режиме HCD. Всего было проведено 27 экспериментов (гидролиз каждым из 5 ферментов в растворе; 4 для FASP-протокола, по три технических повтора). При использовании параметров, ограничивающих ложные идентификации пептидов, поисковые системы и программы de novo секвенирования дают сходные результаты. Степень покрытия аминокислотной последовательности не меньше 40%, а в лучших случаях 80-90%. Использование программ de novo секвенирования позволило легко обнаружить аминокислотную замену Y12H в одном из целевых белков (CYB5A).

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2017
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2017.-N 5.-С.397-404. Библ. 14 назв.
Просмотров: 26