Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ АНАЛИЗА ХРОМОСОМНЫХ КОНТАКТОВ В ЯДРЕ КЛЕТКИ ПО ДАННЫМ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ


Аннотация:

Организация пространственной структуры хромосом, их укладки в интерфазном ядре клетки, установление взаимодействующих участков генома эукариот, физически контактирующих друг с другом, активно изучается в мире с использованием современных технологий секвенирования. Основным методом исследования укладки хромосом с помощью секвенирования пар контактирующих фрагментов ДНК стал Hi-C (метод определения конформации хромосом высокого порядка). Исследование взаимодействий хроматина, трехмерной структуры генома и её воздействия на регуляцию транскрипции позволяет понять фундаментальные биологические процессы с точки зрения структурной регуляции экспрессии генов в клетке, что важно для изучения рака. С помощью методов, основанных на иммунопреципитации хроматина и последующем секвенировании (ChlP-seq), стало возможным определение сайтов связывания транскрипционных факторов, регулирующих транскрипцию генов в геномах эукариот; созданы геномные карты связывания транскрипционных факторов. Технология ChIA-РЕТ (Chromatin ImmunoPrecipitation Analysis - Pair End Tags) позволяет исследовать не только отдельные сайты связывания, но и пары таких сайтов на хромосомах, расположенные рядом в трёхмерном пространстве ядра клетки, и находящиеся в комплексе с исследуемым белком. В данной работе рассмотрены принципы построения геномных карт и матриц хромосомных контактов по данным технологий ChIA-РЕТ и Hi-C. Представлен обзор существующих программных решений и компьютерных инструментов для анализа трёхмерной структуры генома по данным Hi-C и ChlA-PET.

Авторы:

Орлов Ю.Л.
Тьерри О.
Богомолов А.Г.
Цуканов А.В.
Кулакова Е.В.
Галиева Э.Р.
Брагин А.О.
Ли Г.

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2017
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2017.-N 5.-С.418-422. Библ. 35 назв.
Просмотров: 19

Рубрики
Ключевые слова
tag
активные
анализ
белковая
биологический
биохимические
биохимия
взаимодействие
воздействие
высокий
генов
геном
данные
данных
диагностика
днк
другого
другому
зрения
изучение
иммунизация
инструмент
интерфаза
использование
исследование
исследований
исследования
карта
клетка
клетки
ключ
комплекс
компьютерная
компьютерное
контакт
контакты
конференция
конформация
матрицы
метод
методов
мирового
моделирование
обеспечение
обзор
определение
организации
основания
основной
отдельные
пар
пары
поза
помощи
порядка
послед
построения
принцип
программного
пространства
пространственная
процесс
работа
рака
расположенные
регулирующая
регуляции
решение
ряда
связывание
секвенирование
слова
современная
создания
структур
структурная
технология
точка
транскрипции
трехмерная
укладки
участковый
фактор
физические
фрагмент
хроматин
хромосома
хромосомаX
хромосомный
хромосомы
экспрессия
эукариоты
ядра
ядро
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 3.142.54.18)
Яндекс.Метрика