ПОТЕРЯ ГЕТЕРОЗИГОТНОСТИ В ГЕНАХ BRCA1 И BRCA2 У БОЛЬНЫХ РАКОМ ЯИЧНИКОВ И ЕЕ ПРИМЕНИМОСТЬ ДЛЯ КЛИНИЧЕСКОЙ КЛАССИФИКАЦИИ ВАРИАЦИЙ

Аннотация:

Изменения (или варианты) в последовательностях генов BRCA1 и BRCA2 могут иметь различную протяженность и клиническое значение: от точечных замен нуклеотидов (SNV) и коротких инсерций/делеций (не более 50 п.о.) до протяженных делеций и дупликаций (так называемые вариации числа копий, или CNV). По клиническому значению все варианты делят на клинически значимые, вероятно клинически значимые, варианты с неизвестным клиническим значением, вероятно нейтральные варианты и нейтральные варианты. Кроме того, варианты могут быть терминальными (унаследованными от родителей) и соматическими (возникшими в процессе развития организма). Одной из разновидностей соматических событий является потеря гетерозиготности — событие, при котором один или множество точечных и коротких вариантов переходят из гетерозиготного состояния в гомозиготное. Такое событие может быть ключевым в развитии канцерогенеза для клеток, несущих клинически значимый вариант, если рассматривать его в рамках двуударной теории канцерогенеза Кнудсона. Исследовали распространенность и природу потери гетерозиготности в образцах опухоли рака яичников, несущих или не несущих вариант, имеющий клиническое значение. Для этого была определена полная кодирующая последовательность генов BRCA1/2 в 30 парах образцов ДНК, выделенных из клеток крови и парафинированных гистологических блоков пациентов на приборе "MiSeq Illumina". Анализ полученных прочтений выявил 9 клинически значимых точечных и коротких вариантов (30% пациентов): 6 терминальных (20%) и 3 соматических (10%), а также 8 соматических CNV (3 делеции и 5 дупликаций нескольких или всех экзонов гена BRCA1). Потеря гетерозиготности была выявлена у 70% пациентов; у 83% — с клинически значимыми вариантами. Для клинически значимых вариантов процент прочтений с альтернативным аллелем увеличивался чаще, чем для нейтральных вариантов, расположенных в другом гене или обнаруженных у других пациентов (67% против 44%). Однако разница оказалась статистически незначимой, что может быть связано с небольшим размером выборки пациентов. Из 21 случая потери гетерозиготности только для 3(14%) в качестве механизма формирования можно предположить CNV. Для остальных случаев основным механизмом возникновения потери гетерозиготности, по-видимому, является генная конверсия, однако это предположение требует дальнейших исследований.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2018
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2018.-N 1.-С.110-117. Библ. 14 назв.
Просмотров: 120