Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

ИДЕНТИФИКАЦИЯ ЕДИНИЧНЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ЗАМЕН В ПРОТЕОГЕНОМИКЕ Мини-обзор


Аннотация:

Одной из задач протеогеномики, сочетающей данные высокопроизводительного анализа нуклеиновых кислот и белков, является надежная идентификация единичных аминокислотных замен — основного источника вариации геномов в их кодирующей части. Точное знание отклонений от консенсусного генома может использоваться в различных биомедицинских приложениях, например для оценки профиля экспрессии генома злокачественной опухоли, в исследовании механизмов гетерозиготности, для идентификации неоантигенов опухолей при разработке противораковых вакцин, для изучения редактирования матричной РНК на уровне белков и др. Получение этих знаний связано с обработкой больших массивов экспериментальных данных, нарабатываемых методами масс-спектрометрии высокого разрешения, в которых искомая информация о точечных изменениях последовательностей белков, зачастую, с трудом достижима. Соответственно, одной из наиболее существенных проблем является присутствие высокого уровня ложноположительных идентификаций пептидов с заменами в результатах протеогеномного анализа. В обзоре мы обсуждаем подходы, развиваемые в последние годы для корректной обработки протеомных данных, позволяющей проводить более надежную идентификацию единичных аминокислотных замен, в особенности с различением модификаций аминокислотных остатков, происходящими in vitro и in vivo. Оптимальные методы оценки уровня ложноположительных результатов сокращают приборное и вычислительное время на подтверждение значимых белковых идентификаций ортогональными методами.

Авторы:

Мошковский С.А.
Иванов М.В.
Кузнецова К.Г.
Горшков М.В.

Издание: Биохимия
Год издания: 2018
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2018.-N 3.-С.368-378. Библ. 61 назв.
Просмотров: 18

Рубрики
Ключевые слова
in
vitro
vivo
аминокислоты
анализ
белковый
биомедицинские
биохимические
болеющие
большая
вакцина
вакцины
вариация
время
высокий
вычислительная
генная
геном
геномика
гетерозиготности
годовые
данные
единичн
задач
замена
злокачественная
знание
идентификации
изменение
изучение
информации
иска
исследование
исследования
источник
кислот
ключ
консенсуса
коры
ложноположительные
масс-спектрометрия
матричные
метод
механизм
модификация
нуклеиновых
нуклеотидный
обзор
обработка
одного
оптимальное
опухолей
ортогональный
основной
особенности
остатки
отклонение
оценка
пептид
подход
поза
полиморфизм
получение
послед
последовательностей
прибор
проблема
протей
протеогеномика
протеом
протеомика
противоопухолевые
противораковый
профиль
различение
различный
разработка
разрешение
редактирование
результата
связей
слова
сокращений
точечный
точная
трудом
уровни
части
экспериментальная
экспрессия
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 3.148.108.201)
Яндекс.Метрика