СРАВНИТЕЛЬНОЕ ПРОТЕОМНОЕ ПРОФИЛИРОВАНИЕ ЯДЕРНОЙ И ЦИТОЗОЛЬНОЙ ФРАКЦИЙ КЛЕТОЧНЫХ ЛИНИЙ РАЗЛИЧНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ

Аннотация:

Исследование протеома ядерной фракции является важной задачей, поскольку большая часть процессов, происходящих в клетке, инициируется в ядре. Разработка и выбор условий фракционирования клеточных лизатов и параметров масс-спектрометрического детектирования и обработки данных в настоящее время продолжают оставаться актуальными. Представленный в работе масс-спектрометрический анализ апробирован на линиях клеток, происходящих из разных тканей: HL-60 (периферическая кровь), HepG2 (печень), EA.hy926 (эндотелий сосудов). Продемонстрирована высокая воспроизводимость результатов и их согласованность с биологическими свойствами исследованных объектов. Благодаря использованию разного типа клеточных линий выявлен набор из 16 белков, чьи количественные показатели (LFQ - Label-free Quantification Intensity) позволяют дискриминировать ядерную и цитозольную фракции вне зависимости от происхождения клеток. Также предложен набор из 16 белков, чьи LFQ связаны с индивидуальными признаками клеточных линий вне зависимости от фракции. Эти панели белков могут использоваться как индикаторы успешного фракционирования клеточного или тканевого лизата. ВВЕДЕНИЕ. Ядерные белки играют существенную роль в регуляции важных функций клетки, таких как пролиферация, трансформация, апоптоз, дифференцировка. Ключевые ядерные процессы, включающие синтез, репарацию, репликацию и транскрипцию ДНК, осуществляются через образование мегакомплексов нуклеиновых кислот с белками. Поэтому важность исследований протеома клеточного ядра, в том числе исследований, направленных на поиск молекулярных механизмов патологий, не вызывает сомнений. Об актуальности этого направления говорит ряд работ, опубликованных в последние годы. Исследование белков отдельных клеточных фракций напрямую зависит от возможности их отделения от белков остальных компартментов клетки и минимизации потерь. Приёмы и условия фракционирования клеток играют здесь большую роль. В основе метода фракционирования клеточного лизата лежат различия в физико-химических свойствах внутриклеточных органелл, таких как молекулярный состав, размер, форма, плотность и растворимость. Первым шагом в получении клеточных фракций является разрушение цитоплазматической мембраны, что может быть выполнено, например, путём осмотического шока, механического воздействия (с помощью гомогенизатора Даунса), обработки ультразвуком или путем химического лизиса. При этом должны соблюдаться "мягкие" условия, обеспечивающие сохранение целостности ядерной мембраны и тем самым делающие возможным дальнейшее разделение ядерной и цитозольной фракций.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2018
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2018.-N 3.-С.233-240. Библ. 27 назв.
Просмотров: 18