INDEL-типирование штаммов vibrio cholerae

Аннотация:

Цель исследования состоят в INDEL-типировании штаммов холерного вибриона по 9 локусам. Мы идентифицировали 26 генотипов среди 223 изученных штаммов. На основе кластерного анализа все генотипы сгруппированы в 8 кластеров. При этом токсигенные штаммы, которые имели генотипы, отличающиеся от генотипов атоксигенных штаммов, сформировали отдельный кластер. Все штаммы V. cholerae 01 Eltor, выделенные в 1929-2014 гг., имели идентичный генотип, отличающийся как от штаммов классического биовара, так и от штаммов серогруппы 0139. Показано, что утрата гена холерного токсина не приводит к смене INDEL-генотипа. Это позволяет рекомендовать данный метод генотипирования для выявления штаммов, имевших в прошлом ген холерного токсина. Установлено, что при ежегодном выделении штаммов из объектов окружающей среды их популяция характеризуется высоким уровнем генетического разнообразия. Это позволяет предложить использование индекса разнообразия в качестве одного из критериев оценки эпидемиологического риска. Выявление различных генетических маркеров у штаммов холерных вибрионов является полезным приемом при проведении эпидемиологических расследований, дающим возможность выявлять связи между различными изолятами, что в свою очередь позволяет делать выводы об источниках завозов возбудителя на конкретную территорию. При этом в последнее десятилетие определение кратности 5 локусов вариабельных тандемных повторов стало фактически стандартом генотипирования штаммов Vibrio cholerae. Вместе с тем при VNTR-типировании ряда других возбудителей особо опасных инфекций используется более широкий набор локусов. Так, для генотипирования возбудителя туляремии используется определение кратности 25, а для возбудителя чумы - 42 VNTR-локуса, что делает актуальными работы по поиску новых генетических маркеров, пригодных для проведения быстрого анализа штаммов возбудителя холеры.

Авторы:

Издание: Эпидемиология и инфекционные болезни
Год издания: 2017
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2017.-N 4.-С.195-199. Библ. 16 назв.
Просмотров: 27