ПРЕДСТАВЛЕНИЯ ОБ ЭВОЛЮЦИИ ТУБЕРКУЛЕЗНЫХ МИКОБАКТЕРИЙ

Аннотация:

Современные молекулярные технологии, позволяющие весьма детально изучать геном и ДНК современных микобактерий (производя их своеобразную геномную «паспортизацию»), с такой же эффективностью применимы для исследований микобактериальной ДНК, обнаруживаемой в ископаемом (палеонтологическом и археологическом) материале, и это дает возможность изучать эволюцию возбудителя туберкулеза на уровне, совершенно недоступном ранее. Сочетание молекулярных, филогенетических и филогеографических методик позволяет моделировать предков современной микобактерии туберкулеза (МБТ), чтобы лучше понимать своеобразие и отличия древних и современных штаммов, особенности древних и современных эпидемических вспышек туберкулеза, сущность процессов, приведших к современному разнообразию МБТ. Молекулы ДНК в определенных условиях могут сохраняться в останках людей и животных тысячи и миллионы лет. Сохранность, фрагментация и их деградация зависят от условий нахождения, особенно вредны световые, влажностные и температурные колебания. Исследования на древней ДНК человека показали, что наилучшие образцы для получения амплификабельной ДНК - это ископаемые кости и зубы, а мумифицированные ткани - довольно скудный ее источник. Анализ древней ДНК сталкивается с двумя главными проблемами. Во-первых, последовательности состоят из смеси эндогенных и различных экзогенных слоев, в основном современных микробных контаминантов. Во-вторых, высокая частота ошибочных нуклеотидных включений может наблюдаться как результат тяжелых посмертных повреждений ДНК. Такие искаженные посмертные паттерны играют важную роль в проверке подлинности древних последовательностей и отличии их от современных контаминантов. Для этого разработаны пользовательские пакеты карты повреждения (map Damage и тар Damage 2,0), которые идентифицируют такие паттерны от наборов секвенирования последовательностей контаминантов. Они регулируют наборы данных и совместимы с широким диапазоном ДНК-библиотек. Кроме ДНК, некоторые липидные факторы, обусловливающие вирулентность МБТ, могут неплохо сохраняться в мумифицированных телах. Их изучение также позволяет подтверждать диагноз ископаемого туберкулеза. Филогенетический анализ МБТ базируется на предположении, что в ходе эволюции они претерпевают изменения, приспосабливаясь к условиям внешней среды, и эти изменения, в том числе и филогенетически значимых фрагментов генома, являются функцией времени. Определив скорость этих изменений (путем расчета коэффициента синонимических и несинонимических нуклеотидных замен), а их можно уподобить своеобразным «геномным часам», по ним можно проследить историю возникновения, видообразования, диверсификации микобактерий туберкулезного комплекса (МБТК). Представлены данные литературы по изучению эволюции возбудителя туберкулеза и сущности процессов, приведших к современному разнообразию микобактерий туберкулеза. Использование молекулярных методов с другими вспомогательными средствами позволило изменить взгляды на историю микобактерий туберкулезного комплекса, приведя к созданию нового эволюционного сценария.

Авторы:

Издание: Туберкулез и болезни легких
Год издания: 2018
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2018.-N 8.-С.59-65. Библ. 34 назв.
Просмотров: 21