MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ МАРКЕРА ТОКСИГЕННОСТИ VIBRIO CHOLERAE

Аннотация:

Цель исследования - выявление маес-спектрометрических протеомных маркеров токсигенности V. cholerae для разработки экспресс диагностики возбудителя в формате MALDI-ToF MS. Компьютерному анализу подвергали MALDI-TOF MS электронные паспорта 140 штаммов V. cholerae, разделенные на 2 группы с наличием или отсутствием гена холерного токсина (ctx- и ctx+). Нами впервые был выявлен таксон - специфический маркерный белковый пик 3202 Da, характерный для штаммов V.choierae ctx+. Линейная MALDI-ToF масс-спектрометрия позволяет с высокой точностью идентифицировать микроорганизмы до вида. В программе Biotyper не заложена методика выявления вирулентности исследуемых микроорганизмов внутри вида. И только благодаря созданию баз данных, в которые закладываются персонифицированные таксономические параметры и генетические характеристики вирулентности и эпидемической значимости становится возможным обнаружение маркерных белков внутри вида и их принадлежность к определенной таксономической группе. Целью нашего исследования стало выявление масс-спектрометрических протеомных маркеров токсигенности Vibrio cholerae для разработки экспресс диагностики возбудителя в формате MALDI-ToF. Данный способ выявления токсигенности вибрионов будет особенно полезным при масс-спектрометрическом исследовании большого количества штаммов, например, при сезонном мониторинге воды или судовых балластных вод. Это позволит сориентироваться в отборе проб для ПЦР идентификации ctx гена, что сэкономит время, материальные затраты, а также скорость выдачи конечного результата. Работа была проведена на приборе масс-спектрометр MALDI-ToF Bruker Daltonics. Профили получали посредством программ Flex control и Biotyper 3.0. В качестве матрицы была использована а-циано-4-гидроксикоричная кислота, позволяющая получить спектр в диапазоне молекулярных масс 2000-18000 Da которые лежат в основе биотипирования. При помощи программы Microsoft Excel, компьютерному анализу подвергали масс-спектрометрические паспорта штаммов V. cholerae (п=140), с заведомо известной характеристикой (биовар, серогруппа, серотип, год, место и объект выделения, наличие генов токсигенности). Токсигенность 140 штаммов

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2018
Объем: 2с.
Дополнительная информация: 2018.-N 2.-С.112-113. Библ. 6 назв.
Просмотров: 30