КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ РЕГУЛЯТОРНЫХ СИГНАЛОВ В ПОЛНЫХ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОМАХ. УЧАСТКИ СВЯЗЫВАНИЯ LexA И DinR

Аннотация:

Метод распознавания сигналов регуляции транскрипции с использованием комбинации статистического анализа операторов и анализа гомологии регулируемых генов применен к анализу SOS-peryлонов в Escherichia coli, Haemophilus influenzae и Bacillus subtilis. Обнаружены новые члены этих регулонов. Показано, что связывание регуляторного белка DinR с оператором Cheo в В. subtilis часто является кооперативным, и при этом взаимное расположение операторов согласовано с геометрией двойной спирали. SOS-ответ - это реакция бактериальной клетки на повреждение ДНК. При этом включаются механизмы репарации, ингибируется клеточное деление, а также происходит индукция профагов. Возникает SOS-ответ в Escherichia coli, по-видимому, при появлении одноцепочечных фрагментов ДНК, узнаваемых белком RecA. Такие фрагменты являются результатом выщепления из двуцепочечной ДНК поврежденных оснований, например, тиминовых димеров. После взаимодействия с одноцепочечной ДНК, RecA приобретает способность расщеплять репрессор LexA, что приводит к освобождению SOS-операторов и включению транскрипции генов LexA-регулона. SOS-оператор - это палиндромная последовательность с консенсусом taCTGTatatatatACAGta. В грамположительных бактериях, например, Bacillus subtilis, аналогом LexA является DinR [35"!. Карбокси-терминальные домены LexA и DinR, отвечающие за кооперативную димеризацию репрессоров на операторе и автокатализ при воздействии RecA, гомологичны . В то же время, амино-терминальные домены LexA и DinR, отвечающие за связывание с оператором, различны. Соответственно, консенсус оператора Чео, узнаваемого DinR, а именно cGAACnnnnATTCg, отличен от консенсуса SOS-оператора. В настоящее время известно около 20 членов LexA-регулона Е. coli и 5 членов DinR-регулона В. subtilis. Эти гены кодируют как белки с известными функциями, так и белки, функции которых неизвестны. Целью настоящей работы было идентифицировать дополнительные члены этих регулонов, а также охарактеризовать LexA-регулон Haemophilus influenzae. Для этого использован недавно разработанный метод, основанный на одновременном анализе статистических свойств операторов и гомологии регулируемых белков.

Авторы:

Издание: Молекулярная биология
Год издания: 1999
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 1999.-N 5.-С.772-778
Просмотров: 32