IN SILICO АНАЛИЗ АФФИННОСТИ ЧЕЛОВЕЧЕСКИХ VEGF, bFGF, SDF-la К СООТВЕТСТВУЮЩИМ ЧЕЛОВЕЧЕСКИМ/ОВЕЧЬИМ РЕЦЕПТОРАМ

Аннотация:

Сравнение аффинности человеческих биоактивных факторов (VEGF, bFGF/FGF-2 и SDF-la) к соответствующим человеческим и овечьим рецепторам (VEGFR2, FGFR1, FGFR2, CXCR4). По базам данных RCSB PDB, PDBe и PDB были определены PDB-номера третичных структур указанных белков, а также UniProtKB-номера их аминокислотных последовательностей. Далее при помощи выравнивания и сравнения аминокислотных последовательностей в программе Geneious был проведен анализ гомологичности первичной и вторичной структуры человеческих и овечьих белков. Так как третичная структура анализируемых белков экспериментально расшифрована только для человека, в программе SwissModel было выполнено гомологичное моделирование третичной структуры соответствующих белков овцы. Молекулярный докинг-анализ был осуществлен при помощи программы PatchDock с целью общей оценки аффинности лиганда к рецептору и посредством программы ZDOCK для построения трехмерных моделей лиганд-рецепторных взаимодействий. Первичная и вторичная структура анализируемых человеческих и овечьих белков была идентична более чем на 90%, что позволило предположить сходную аффинность биоактивных факторов к соответствующим рецепторам. Процент различий между условными показателями аффинности человеческих биоактивных факторов к овечьим рецепторам в сравнении с соответствующими условными показателями аффинности к человеческим рецепторам лишь незначительно превышал сочетанный процент межвидовых различий первичной структуры данных белков. Трехмерное моделирование взаимодействий различных вариантов биоактивных факторов с их рецепторами показало, что вариант расшифровки третичной структуры биоактивного фактора (PDB-номер) практически не влияет на их взаимодействие с рецепторами внутри одного биологического вида. Аффинность человеческих биоактивных факторов (VEGF, bFGF, SDF-la) к соответствующим овечьим и человеческим рецепторам (VEGFR2, FGFR1, FGFR2, CXCR4) различается незначительно.

Авторы:

Издание: Сибирское медицинское обозрение
Год издания: 2018
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2018.-N 5.-С.66-76. Библ. 30 назв.
Просмотров: 20