ПРОГРАММНЫЙ КОМПЛЕКС CYSMOTIF SEARCHER ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ АНТИМИКРОБНЫХ ПЕПТИДОВ В ТРАНСКРИПТОМАХ РАСТЕНИЙ

Аннотация:

В данной работе мы представляем новый программный комплекс Cysmotif searcher для поиска в транскриптомах растений различных антимикробных пептидов (АМП), важнейших компонентов врожденного иммунитета. Cysmotif searcher находит и классифицирует короткие цистеин-богатые аминокислотные последовательности, содержащие открытую рамку считывания и сайт расщепления сигнального пептида. Благодаря комбинации различных методов поиска с помощью Cysmotif searcher можно за небольшое время получить наиболее полный репертуар потенциальных антимикробных пептидов для одного или нескольких транскриптомов. Производительность программного комплекса оценивается на модельном растении A. thaliana и девяти других растениях, включающих культурные и дикорастущие виды. Полученные результаты сравниваются с имеющейся аннотацией (A. thaliana) и обычным поиском на основе гомологии (другие растения). Сравнение осуществляется как для известных семейств АМП растений, так и для вновь обнаруженных пептидов, которые не могут быть отнесены к существующим семействам. Обсуждается применимость программного обеспечения к задаче обнаружения новых АМП, а также представлены практические рекомендации по использованию программного комплекса для конечных пользователей.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2018
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2018.-N 12.-С.1884-1894. Библ. 33 назв.
Просмотров: 21