СТАБИЛЬНЫЕ G-КВАДРУПЛЕКСЫ ПРОМОТОРОВ ОНКОГЕНОВ ВЫЗЫВАЮТ ЗАВИСИМЫЕ ОТ ИОНОВ КАЛИЯ ОСТАНОВКИ ТЕРМОСТАБИЛЬНОЙ ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ

Аннотация:

Амплификация GC-богатых участков геномной ДНК может быть затруднена из-за высокой стабильности двойной спирали ДНК или образования альтернативных структур G-богатой нитью ДНК. Такие последовательности ДНК, потенциально способные образовывать G-квадруплексные (G4) структуры, широко распространены в промоторах генома человека. В работе исследована эффективность ПЦР-амплификации пяти промоторных последовательностей онкогенов человека (MYC, KIT, TERT, NRAS, KRAS). Показано, что эффективность ДНК-полимеразы в присутствии ионов калия значительно снижена. Методом удлинения праймера локализованы места остановок ДНК-полимеразы на З'-концах потенциальных С4-структур. Проведен анализ структурных и термодинамических свойств коротких G-богатых олигонуклеотидов, соответствующих местам остановки ДНК-полимеразы. Показано, что олигонуклеотиды образуют параллельные G4-структуры, а также выявлена зависимость между стабильностью G4-структур и эффективностью остановки ДНК-полимеразы. Полученные результаты демонстрируют метод детекции G4-структур в протяженных геномных последовательностях, а также проясняют механизм ингибирования ДНК-полимеразы на G-богатых участках ДНК.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2019
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2019.-N 5.-С.730-738. Библ. 23 назв.
Просмотров: 30