ДОКИНГ С КОМБИНИРОВАННЫМ ПРИМЕНЕНИЕМ СИЛОВОГО ПОЛЯ И КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОГО МЕТОДА

Аннотация:

В работе изложены результаты, касающиеся использования суперкомпьютерной программы докинга FLM, осуществляющей поиск спектра низкоэнергетических минимумов комплекса белок-лиганд в рамках потенциалов силового поля MMFF94 без использования сетки заранее рассчитанных потенциалов взаимодействия атомов лиганда с белком. Программа FLM позволяет найти достаточно широкий спектр низкоэнергетических минимумов и применяется на первом шаге процедуры докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода. На втором шаге этой процедуры энергии всех найденных минимумов пересчитываются с помощью квантово-химического полуэмпирического метода РМ7 с учётом растворителя в континуальной модели COSMO. На основании выполненных расчётов определяется положение лиганда, соответствующее наиболее низкой энергии комплекса, рассчитанной с помощью метода РМ7 с растворителем в модели COSMO, которое находится вблизи от закристаллизованного с белком положения. Показано, что первый шаг докинга с комбинированным применением силового поля и квантово-химического метода более быстро и более эффективно выполняется программой FLM без учёта влияния растворителя.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2019
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2019.-N 2.-С.80-85. Библ. 20 назв.
Просмотров: 19