ВЫЯВЛЕНИЕ МУТАЦИЙ В ГЕНЕ рnсА MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS С ПОМОЩЬЮ МОДИФИЦИРОВАННОГО МЕТОДА АНАЛИЗА КРИВЫХ ПЛАВЛЕНИЯ ПРОДУКТОВ ПЦР С ВЫСОКИМ РАЗРЕШЕНИЕМ

Аннотация:

Разработаны протоколы и проведено сравнение эффективности выявления мутаций в гене рnсА, ассоциированных с устойчивостью М. tuberculosis к пиразинамиду, методом анализа кривых плавления 7 перекрывающихся пар праймеров с искусственным формированием гетеродуплексов (H-HRM) за счет коамплификации ДНК дикого типа и тестируемой ДНК, а также классического HRM анализа. С помощью HRM и H-HRM была проанализирована ДНК 35 PZAR изолятов, несущих мутации в гене рnсА, 3 PZAR изолятов без мутаций рnсА, а также 20 PZAS изолятов без мутаций рnсА. Чувствительность и специфичность HRM для выявления мутаций в гене рnсА оказалась умеренной — 88.57% (доверительный интервал 73.26-96.80%) и 82.61% (61.22-95.05%) соответственно. Чувствительность H-HRM составила 97.14% (85.08-99.93%), специфичность - 95.65% (78.0599.89%), со значительным улучшением точности — 96.55% против 93.85% при HRM. В целом, несмотря на добавление дополнительной стадии уравнивания концентраций тестовой и контрольной микобактериальной ДНК, H-HRM показал большую устойчивость и воспроизводимость при стандартных настройках математического обеспечения для обработки данных кривых плавления.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2019
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2019.-N 8.-С.220-226. Библ. 15 назв.
Просмотров: 18