Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения

Аннотация:

Цель. Изучить генетическое разнообразие штаммов К. pneumoniae, выделенных в Национальном медико-хирургическом центре им. Н.И. Пирогова г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения. В анализ включено 19 штаммов К. pneumoniae (18 из различного биологического материала и 1 с объектов внутрибольничной среды), выделенных в медико-хирургическом центре в период с 30 января по 9 октября 201 7 г., фенотипически проявляющих множественную резистентность к антимикробным препаратам. Секвенирование ДИК штаммов проводилось на приборе lllumina HiSeq 1500 с использованием наборов lllumina HiSeq РЕ Rapid Cluster Kit v2 и lllumina HiSeq Rapid SBS Kit v2. В результате все исследованные штаммы относились к 9 различным сиквенс-типам. Один из штаммов имел новый аллельный профиль. Обнаружен штамм с геном карбапенемазы, который относится к филогенетической линии, отличающейся повышенной патогенностью для человека. Во всех штаммах выявлены гены бета-лактамаз SHV-типа. Доля штаммов с генами бета-лактамаз СТХ-М-типа составила 63,2%, ОХА-типа - 68,4%, ТЕМ-типа - 57,9%; в двух штаммах обнаружены гены металло-бета-лактамазы NDM-1. Практически во всех штаммах присутствовали гены нескольких типов бета-лактамаз одновременно. У всех 19 штаммов выявлены плазмид-ассоциированные детерминанты резистентности к фторхинолонам и ген fosA, обеспечивающий резистентность к фосфомицину. Выводы. Проведенное исследование показало высокую гетерогенность штаммов К. pneumoniae. Преобладания какого-либо одного сиквенс-типа не обнаружено. Выявлены гипервирулентные штаммы сиквенс-типа ST23 и штаммы сиквенс-типов «высокого риска» (ST1 1 и ST147). В двух штаммах, относящихся к ST23, обнаружены бета-лактамазы blaSHV-1, blаСТХ-М-55, blаОХА-1 и blaSHV-1, blаОХА-48 соответственно. Основным механизмом множественной устойчивости к антимикробным препаратам являлась продукция бета-лактамаз. Колистин был единственным препаратом, к которому сохраняли чувствительность все выделенные в центре штаммы К. pneumoniae.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2019
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2019.-N 1.-С.69-74. Библ. 43 назв.
Просмотров: 30