АННОТАЦИЯ MALDI-МАСС СПЕКТРА БЕЛКОВО-ПЕПТИДНОЙ ФРАКЦИИ КЛЕТОЧНОГО ЭКСТРАКТА ASPERGILLUS SYDOWIIВ КРАТКОМ ВИДЕ

Аннотация:

В сообщении изложены результаты биоинформационного анализа масс-спектра, полученного при линейной идентификационной MALDI-TOF-масс-спектрометрии клеточного экстракта из коллекционного штамма A. sydowii РКПГ F-1287. Спектр для аннотирования выбрали по результатам 25 опытов (съемок). Для избранного спектра провели генерацию масс-листа с «ручной» коррекцией, собрав показатели 100 пиков белковых и пептидных ионов массой до 18 kDa. Использовали оригинальный алгоритм аннотирования, ранее с успехом примененный для ряда микромицетов из родов Candida, Aspergillus и Penicillium. Удалось выявить 99 белков и пептидов, потенциально участвующих в формировании масс-спектра. Приведены их характеристики: длина аминокислотной цепи, разница теоретической молекулярной массы и фактического значения, определяемого по величине m/z, заряд ионов, а также функциональная принадлежность (если для конкретного белка она была установлена ранее). Впервые в нашей практике при аннотировании провели поиск соединений с зарядом +2. У A. sydowii удалось определить самое большое количество спектрообразующих белков в сравнении с другими исследованными нами микромицетами. Выявили присутствие белков классов BLIP и NUDIX-подобных гидролаз, почти не изученных у эукариот.

Авторы:

Издание: Проблемы медицинской микологии
Год издания: 2019
Объем: 3с.
Дополнительная информация: 2019.-N 2.-С.27-29. Библ. 6 назв.
Просмотров: 31