Рекомбинантные варианты вируса гепатита С в Сибири

Аннотация:

Обзор суммирует результаты комплексного многолетнего молекулярно-эпидемиологического исследования ВГС (2001—2016) на территории Алтайского края и Новосибирской области, в ходе которого было выявлено 8 случаев инфицирования рекомбинантной формой CRF01-1b2k ВГС. Аля всех сибирских изолятов CRF01-1b2k подтверждена точка рекомбинации в последовательности гена NS2, что согласуется с данными для выявленных ранее рекомбинантов этой же формы в других регионах России и мира. Анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов генов Core, El, NS2 и NS5b в геномах 8 обнаруженных в Сибири рекомбинантных изолятов типа 2k/1b показал близкое филогенетическое родство между ними, а также 27 рекомбинантами, описанными к настоящему времени в Санкт-Петербурге, Азербайджане, Армении, Эстонии, Нидерландах, Ирландии, Франции и США. Уровень гомологии составил для гена Core — 97%, Е1 — 94%, NS2 — 92%, NS5b — 96%. Филогенетический анализ геномов рекомбинантов показал общность происхождения изолятов типа 2k/1b и их широкую циркуляцию на территории России. Анализ 5'-части генома рекомбинантных изолятов, относящейся к субтипу 2к, показал, что наиболее близкие изоляты субтипа 2к ранее, кроме России, были выявлены также в Республиках Молдова и Узбекистан в 1996—2013 гг. Частота встречаемости рекомбинантных изолятов в Сибирском регионе оценивается на уровне 1%. Методом молекулярных часов показано, что наиболее вероятное время появления рекомбинантной формы CRF01-1b2k находится в интервале 1957—1970 гг.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2019
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2019.-N 2.-С.64-75. Библ. 49 назв.
Просмотров: 28