ПРОТЕОМИКА ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ: ИДЕНТИФИКАЦИЯ ПУЛА РЕГУЛЯТОРНЫХ БЕЛКОВ, СПЕЦИФИЧНЫХ ДЛЯ КЛЕТОК ЛИНИИ HL-60

Аннотация:

Промиелоцитарные клетки линии HL-60 являются широко используемой моделью для изучения индуцируемой гранулоцитарной дифференцировки. Исследование белков ядерной фракции, в особенности транскрипционных факторов, необходимо для лучшего понимания молекулярных механизмов созревания клеток. Масс-спектрометрия является мощным методом для анализа протеома в силу высокой чувствительности, производительности и специфичности анализа. В работе, с использованием метода мониторинга выбранных реакций (SRM), проведена оценка уровня содержания ядерных белков RBPJ, STAT1, СЕВРВ, CASP3, VAV1, PRKDC, PARP1 и UBC9, выделенных с применением гипертонического буфера, детергентов (додеци л сульфату натрия (SDS), дезоксихолата натрия (DOC) и расщепляемого детергента ProteaseMAX™) и с помощью центрифугирования в градиенте плотности сахарозы. Минимальное и максимальное содержание белков составило 1,13±0,28 и 14,34±],63 фмоль/мкг общего белка для транскрипционного фактора RBPJ и убиквитин-протеинлигазы первого типа UBC9 соответственно. По результатам панорамного масс-спектрометрического анализа ядерных фракций удалось идентифицировать 2356 белков, из них 106 белков были аннотированы как транскрипционные факторы. Треть транскрипционных факторов (37 белков) были идентифицированы только во фракции, полученной с помощью центрифугирования в градиенте плотности сахарозы, в то время как лишь 9 и 8 транскрипционных факторов было идентифицировано только во фракциях ядер, полученных с использованием гипертонического буфера и детергентов, соответственно. Транскрипционные факторы, идентифицированные в клетках линии HL-60, представляют собой регуляторные молекулы, направленное профилирование которых под действием индукторов дифференцировки позволит пролить свет на механизм созревания гранулоцитов.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2019
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2019.-N 4.-С.294-305. Библ. 26 назв.
Просмотров: 30